Filozofski fakultet je osnovan 1971. godine kao akademska jedinica Univerziteta u Nišu, sa dosta složenom akademskom strukturom koja obuhvata naučne i obrazovne programe iz humanističkih i prirodnih nauka. Unutrašnja organizacija koja je zahtevala više obazrivosti u sprovođenju osnovne misije Fakulteta održala se do oktobra 1999. godine kada su se Odsek za fizičku kulturu i tri odseka za prirodne nauke razvila u nezavisne institucije. To je omogućilo transformaciju matičnog fakulteta u integrisaniju akademsku jedinicu. Godine 2001. obeležena je trideseta godišnjica Fakulteta sa novim obrazovnim i naučnim izgledom, suštinski fokusiranim na filološko-filozofske discipline, dopunjenim Odsekom za umetnost, koji će prerasti u nezavisni fakultet 2003. godine. Danas Filozofski fakultet ima dvanaest departmana koji predstavljaju nastavne baze za realizaciju 32 studijska programa na svim nivoima studija: Anglistika, Istorija, Komunikologija i novinarstvo, Nemački jezik i književnost, Pedagogija, Psihologija, Socijalna politika i socijalni rad, Sociologija, Srbistika, Ruski jezik i književnost, Filozofija, Francuski jezik i književnost. U realizaciji nastave učestvuje i Centar za strane jezike, a na Fakultetu postoje i centri i laboratorije u okviru kojih se odvija naučnoistraživački rad. Važnu podršku nastavnom i naučnoistraživačkom radu pružaju Biblioteka, Računarski centar, kao i Izdavački centar.